Io l'ho provato su XP x64 ma sicuramente funziona anche sulla versione normale di windows xp e 2000.
ho scaricato la versione uppata e funziona. Deduco che hai guardato il filmato visto che hai verificato che non si sono creati i 2 files temporanei. (sono le singole immagini ritagliate).
Il programmino funziona con imagemagik.
Per scaramanzia prova a copiare i file in una cartella normalissima in c: esempio "prova" ci copi i files zip e provi da li.
Se non vengono fuori i files temporanei facciamo una verifica che imagemagik funzioni.
se hai xp premi start o avvio poi esegui, qui scrivi "cmd" poi ok, verra fuori una finestra nera di dos. qui scrivi "cd\" invio "c:" invio "cd nomecartella" invio. Ora provi a scrivere ad esempio "convert fileinput.jpg fileoutput.tif" invio, dovrebbe crearsi il file fileoutput.tif con la stessa immagine di file input.jpg ovviamente.
Riguardo le estensioni dovrebbe gestire piu o meno tutto, se come risultato metto nome.jpg fara un jpg se metti tif sara tif se metti bmp sara un bmp. Se poi hai fatto esperimenti strani come potrebbe essere scegliere un nome tipo "questo e il file che contiene la tarta.jpg" magari il programma non funziona. Non ho fatto tanti test per sapere tutti i difetti.
Comunque penso sia meglio inserire un messaggio all'interno del programma per bloccarlo e avvertire subito se non si creano i files temporanei necessari a tutto il lavoro. Gia quello che mi hai detto puo essere un indizio per capire dov'è il problema.
Fammi sapere se imagemagik ti funziona.