La flora batterica vive in substrati in cui posso, come dire, rintanarsi.
E' presente in tutte le zone dell'acquario, anche tra la ghiaia del fondo, ma per svilupparsi al massimo necessita di materiali porosi, come sono appunto i cannolicchi.
La collocazione dei cannolicchi nel filtro serve quindi a far passare l'intero volume d'acqua nella parte in cui ci sono il maggior numero di batteri (il filtro con i cannolicchi).
I batteri si "nutrono" delle sostanze inquinananti, trasformandole in altre innocue o comunque meno dannose.
Se hai realizzato un filtro a scomparti, i cannolicchi dovrebbero riempirne uno intero, di solito quello intermedio.
Spero di essermi spiegato in modo decente...